Το Τμήμα Μηχανικών Οικονομίας και Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2005-2006, Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο: «Οικονομική και Διοίκηση για Μηχανικούς», το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) στις κατευθύνσεις:
(α) της Χρηματοοικονομικής Μηχανικής και
(β) της Μηχανικής της Διοίκησης.
Το Μ.Δ.Ε είναι ετήσιας διάρκειας και για την απόκτησή του απαιτούνται τα εξής: